该馆与台湾国立历史博物馆、美国毕士博博物馆、德国柏拉廷历史博物馆为姊妹馆。
2007年2月23日福建博物院与姐妹馆夏威夷毕士博博物馆以及浙江省考古研究所联合举办的“相遇太平洋：中国海洋文明的发端”特展, 在美国夏威夷毕士博博物馆隆重开幕。展览共分3个部分，即“中国海洋文启掘明的起源”、“太平洋沿岸航海”以及“海岸文明的辉煌”。 此次展出了近50年来在中国东南沿海地区发现的大量重要文物，例如陶器、骨制工具、石斧、饰物、玉器等。很多考古学家认为，中国东南沿海的史前人类是夏威夷群岛的最早居民――波利尼西亚人等南岛语族的始祖，此次展示的航海文化可认为是南岛语族海洋文明的最初起源。
2009年4月13日“福建与海上丝绸之路”文物展览东京站开幕式，在日本东京明治大学博物馆和东京学习院大学史料馆同时隆重举行。我院曾多次在日本举办文物展览，为推动中日文化交流，增进两国人民友谊做出了积极的贡献。此次“福建与海上丝绸之路”文物展览，经过双方共同协商，确定以沉船考古、都市贸易、陶瓷器、茶文化为契合点，以海上丝绸之路为主线，以文物展示与学术交流为平台，突现福建与日本交往的历史，反映中日文化交流衫旁敏的特色。为此，福建博物院精选文物珍品111件（套），涵盖陶器、瓷器、铜器、石器、银器等门类，还组织专家学者与日方开展学术交流。
2011年9月，陕西历史博物馆藏铜镜、寿山石雕等联展
2011年12月，座对贤人酒 山藏太史书――常熟博物馆馆藏楹联展
2012年4月，风从大汉来――汉景帝阳陵文物特展，海峡两岸少儿美术大展
2012年9月，徐悲鸿绘画精品展，一折青山一扇屏――福建博物院藏扇面精品展
2012年12月，河山新貌 盛世丹青――两岸画家画福建名家作品展
2013年2月，华装风姿――中国百年旗袍展
2013年6月，大漆之美――福建漆艺展，一缕炉烟承古今――中国沉香文化的流传与回归展
2014年2月，走进民间艺术――元宵花灯制作亲子活动
2014年4月，直挂云帆济沧海――海上丝绸之路特展
2014年9月，大漆艺术－－2014海峡漆艺术大展
2014年10月，山西忻州大鼓书传统表演
2015年5月，蜕变――蝴蝶标本展
2015年6月，文化遗产日系列活动，忘不了的乡愁――八闽古村落古民居摄影或枝展
2015年8月，博・戏――中国古代体育文物展
2015年10月，印象诺曼底――周向一油画作品展